Рік 73 після Хреста: Хоча друга битва за Ячін Дю завершила війну між Натуральними та Координаторами, напруженість між двома расами досягла небувалого рівня. Під час зустрічі голови ПЛАНТ Гілберта Даліндала та представниці Орбу Кагалі Юли Атха група солдатів захоплює новозапущені Гандам-юнити ZAFT. Солдат ZAFT Шинн Аска разом із товаришами на борту корабля Мінерва здіймаються в повітря, щоб зупинити захоплення. За допомогою охоронця Кагалі, Атруна Зали, Мінерва переслідує невідомий корабель, поки не виникає ще більша загроза, що стає початком другої війни Кривавої Відьми.