Нінджя Ґайден розповідає історію Р'ю Хаябуси — вдень він веде звичайний бізнес, продаючи японські антикварні речі, а вночі перетворюється на невловимого ніндзю, який боронить вулиці Нью-Йорка від злочинності. Коли відомий вчений Недом Фрідманом стає предметом скандальної прес-конференції з оголошенням надзвичайно ефективного ліків від раку, Р'ю відчуває, що за цією заявою приховується щось зловісне.
Разом зі своєю командою журналістів із невеликої газети він починає розслідування, намагаючись розкрити правду, приховану за обіцянками «чудодійного» лікування. Це розслідування приводить його до боротьби не лише з небезпечними ворогами, а й із темними силами, які прагнуть оживити злісного Бога Зла та загрожують усьому світу. Ця історія поєднує елементи бойових мистецтв, містики та захоплюючого детективу, змушуючи затамувати подих до останнього кадру.
