Після того, як гігантський робот зруйнував місто Гаято, він втрачає своїх батьків. Єдиним вірним товаришем, що залишився поруч, стає його пес Джек. Єдині спогади про сім’ю – це мамина туфелька і фото пари, яку за словами батька, вони вважали справжніми батьками Гаято. Сповнений бажання помсти, хлопець вирушає на пошуки таємничого Летючого корабля-привида, який нібито стоїть за атакою і загрожує всім судам, що перетинають океан.
Під час розслідування Гаято натрапляє на приховану фабрику містера Куросіо, багатія міста, і поступово розуміє, що те, що він чув раніше, – лише півправда. Окрім цього, існує моторошна істота, яка ховається в замку під дном моря. Намагання викрити правду ставить життя головного героя під загрозу, але несподіваним порятунком для нього стає капітан самого Корабля-привида. Гаято на порозі відкриття набагато більшої таємниці, ніж та, яку він шукав спочатку.
