Події аніме "Босоногий Ґен" розгортаються у 1945 році, коли Друга світова війна досягає свого апогею. У Хіросімі живе відчайдушний та сповнений жаги до життя хлопчик на ім’я Ґен Накаока. Йому доводиться жити у надзвичайно складних умовах — війна приносить нестачу продовольства і постійний страх за майбутнє. Разом зі своєю родиною Ґен намагається зберегти надію на швидке закінчення конфлікту, сподіваючись, що рідне місто залишиться поза масштабами руйнувань.
Та невдовзі їх очікує страшне випробування — 6 серпня на Хіросіму падає атомна бомба "Малюк", унаслідок чого життя у місті перетворюється на жахіття незбагненної сили та масштабу. Сім’я Ґена опиняється в пеклі руїн, а сам він змушений швидко повростати, відмовитися від безтурботного дитинства і боротися за виживання. Аніме майстерно відтворює трагедію, яка назавжди змінила Японію, показуючи її очима маленького хлопчика, котрий намагається знайти світло навіть у найтемніші часи.
