«Інцидент Дарвіна» розповідає про неординарний випадок у світі, де межа між людиною і твариною стає надто розмитою. Група екотерористів, що називає себе «Альянс визволення тварин», рятує вагітну шимпанзе з лабораторії, де тварин використовують для жорстоких експериментів. Від цього порятунку народжується Чарлі — істота, яка поєднує в собі риси людини і шимпанзе. Протягом п’ятнадцяти років за ним дбайливо доглядають прийомні батьки, які, нарешті, вирішують віддати його до звичайної старшої школи, щоб Чарлі спробував адаптуватися в людському суспільстві.
Поступово Чарлі встигає завести свого першого справжнього друга — Люсі, дівчину, яка відкриває йому світ із нової сторони. Однак у той самий час погляди «Альянсу визволення тварин» стають все більш радикальними. Вони намагаються втягнути Чарлі у свій жорстокий терористичний план, що ставить під загрозу не лише його майбутнє, а й сам баланс між світом людей та тварин. Ця історія про дружбу, ідентичність та вибір, який може змінити усе.