Рік 2199. Людство зазнало нищівної поразки у війні з Гамілоїдами і було змушене сховатися в підземних містах через наступ ворога. Вчені прогнозують, що часу залишилося менше року. Молоді офіцери Сусуму Кодаї та Дайсуке Шіма отримують загадкову капсулу з корабля, що здійснив аварійну посадку на Марсі, і повертаються з нею на Землю. У ній — остання надія людства: планета Іскандар з протилежного боку...