Минуло кілька місяців відтоді, як Томоя зізнався в коханні Нагісі, і його життя продовжує стрімко змінюватися — він зустрічає нових людей, розширюючи свої горизонти. Хоча світ Томої росте, відносини між ним та Нагісою переходять у новий етап, і обоє поки не знають, куди їх це приведе. Завдяки цим стосункам Томоя починає усвідомлювати справжнє значення сім’ї. Проте, коли Томоя і Нагіса створюють власну родину, їх чекає безліч випробувань на шляху в «Кланнад: Після історії».