Після Другого удару залишився лише Токіо-3 — місто, яке атакують гігантські істоти, що прагнуть знищити людство, відомі як Ангели. Після понад восьми років без зв’язку з батьком, Шіндзі Ікарі отримує телефонний дзвінок із терміновим викликом до штабу організації NERV, яка бореться з Ангелами за допомогою гігантських мехів під назвою Єви. Завдання Шіндзі — управляти Євою Юніт-01 і разом із пілотом Єви Юніт-00, Аянами Рей, захищати людство.