Події розгортаються у перебудованому 1914 році, охопленому війною. «Левіафан» розповідає про Алека — втікача-принца Австро-Угорської імперії, та Дерін Шарп — відважну юнку, яка видає себе за хлопця, щоб служити у Британській повітряній службі. Коли доля зводить їх на борту HMS Leviathan — величезного живого корабля, створеного з генетично інженерних істот, — вони вирушають у пригоду, що змінить світ і змусить поставити під сумнів усе, у що вони вірили: війну, вірність та власну ідентичність.