«Калігула Ефект» розгортається в програмі віртуальної реальності під назвою «Мебіус», створеній, аби люди могли втекти від болю в реальному житті й жити в ідилічній шкільній атмосфері, примушені нескінченно проживати свої три роки. Головний персонаж — один із групи, яка усвідомлює, що перебуває у віртуальному світі, і створює «Клуб Повертайся Додому» — групу, яка прагне втекти з Мебіуса та подолати його божественну керуючу програму, вокальну систему під назвою «μ». Вони протистоять «Остіна́то М'юзішенс» — угрупованню прихильників μ, які вважають Клуб Повертайся Додому зрадниками.