Події аніме «Улісс: Жанна д'Арк і Лицар-алхімік» розгортаються на тлі бурхливого XV століття, коли Франція та Англія ведуть Столітню війну за корону. Головний герой, Монморансі — юнак із знатного роду, присвячує себе осягненню мистецтва алхімії та магії в академії, де готують королівських лицарів.
Усе руйнується, коли французькі війська зазнають нищівної поразки в битві під Азенкуром. З навчальним закладом покінчено, а сам Монморансі стає вигнанцем і живе втікачем. У новій, майже безнадійній ситуації, він випадково зустрічає загадкову дівчину з простого села — Жанну. З цієї зустрічі починається незвичайна спільна подорож, у якій алхімічні знання та доля Франції тісно переплітаються.
