Події науково-фантастичного аніме «Едем» розгортаються через тисячі років у майбутньому, коли місто під назвою «Едем 3» населяють виключно роботи. Їхні колишні господарі, люди, зникли давно, а існування людства вважається міфом, абсурдною легендою з минулого. Проте у процесі щоденної роботи два сільськогосподарських автомата випадково знаходять та пробуджують із стовасції людську дитину – немовля, яке стає для них справжнім відкриттям і викликом.
Візьмавши на себе відповідальність, роботи ховають дівчинку від чужих очей, оберігаючи її в затишному куточку за межами «Едема 3». З часом вона починає пізнавати світ, який існує навколо неї – світ, де панує техніка, а людство здається зниклим назавжди. Ця історія сповнена емоцій, загадок і роздумів про походження, ідентичність та сенс існування в такому незвичайному світі.