«Молодо-зелено» розповідає про хлопців із пансіону Канено, що розташований у сільській місцевості Японії. Життя в школі з виключно хлопцями здається одноманітним і складним, особливо через повну відсутність дівчат поблизу. Щоб покращити емоційний стан усіх учнів, адміністрація вирішує об’єднатися з найближчою школою для дівчат і перетворити заклад на змішаний.
Юске Таказакі та його пустотливі товариші з «дурнуватого тріо» намагаються налагодити спілкування з новими сусідками, коли ті приїжджають на пробний місяць. Однак атмосфера швидко наповнюється курйозами, незручностями та гормональними переживаннями. Особливо привертає увагу дівчина Мідорі Чітосе, яка одразу ж після прибуття з неймовірною самовпевненістю обіймає Юске. Цей момент породжує питання: чи то він природжений чарівник з дівчатами, чи між ними є спільне минуле, про яке він навіть не здогадується?