«Капітан Цубаса» розповідає історію енергійного хлопчика Цубаси Одзори, для якого футбол став справжнім сенсом життя. Він займається цим спортом з раннього дитинства, і, на відміну від інших дітей, для нього футбол — не просто гра, а справжня пристрасть. Щоб стати ще кращим та здійснити свою мрію, Цубаса разом з мамою переїжджає до міста Нанкацу, відомого своїми сильними футбольними командами серед школярів.
У новому місті хлопчика чекають не лише складні випробування й численні суперники, а й присутність однодумців і підтримка друзів. Серед них — чарівна Санае Накадзава та неймовірно здібний воротар Ґендзо Вакабаяші, який розділяє з Цубасою ту саму жагу до перемоги. Мета Цубаси — представляти Японію на Чемпіонаті світу з футболу, і на цій дорозі на нього чекає чимало труднощів, які він має подолати, використовуючи не лише свій талант, але й завзятість і дружбу.
