Лідер Команди Рокет, Джованні, знайшов М’юТу у віддаленій місцевості регіону Джото. Коли він намагається знову схопити М’юТу, Ашу та його друзям загрожує небезпека — вони потрапляють у полон Доміно, нового члена Команди Рокет, під час спроби врятувати Пікачу від Джессі та Джеймса. Клонованих покемонів теж захоплюють і використовують як приманку для М’юТу. Ситуація перетворюється на протистояння волі М’юТу і Джованні, в той час як сам М’юТу шукає відповідь на запитання, чи має він і його клони сенс існування, попри те, що вони створені науковим шляхом.