Минуло тисячу років з того часу, як Ґауна — таємнича інопланетна раса без відомих способів комунікації — знищила Сонячну систему. Невелика частина людства врятувалася на величезних «насіннєвих кораблях», таких як Сідонія, які дозволили зберегти людську популяцію під час тривалого дрейфу в космосі. Нагате Танікадзе — молодий чоловік, вихований у найглибших надрах корабля. Коли він приступає до трен...