Дух в оболонці. Початок

Після розірвання зв’язків із 501-м підрозділом Мотоко Кусанаґі нарешті отримує змогу розпочати новий етап у своєму житті. Тепер їй належить пристосуватися до роботи під керівництвом Дайске Арамаки. Паралельно містом шириться хаос через злам Логіком, і Бато вирішує діяти — він залучає до справи своїх перевірених знайомих: колишнього розвідника Ісікаву та фахівця зі зброї з ППО Борму. Мотоко ж прагне зібрати власну команду й розглядає можливість долучити до нового складу відомого снайпера Сайто та майстра перевтілень Паза.

Два конкуруючі колективи розпочинають пошуки істини в складній справі — хтось отримав фальшиві спогади про операцію з транспортування біженців, і тепер цей химерний слід веде героїв у заплутане розслідування. Атмосферний кіберпанковий Ньюпорт затягує у вир інтриг, де минуле кожного може виявитись зовсім не тим, чим здається на перший погляд.